创新基础的选择需要解决在何种层次上进行组织创新的问题：利用现有知识，对目前的生产工艺、作业方法、产品结构进行创新。但同样显而易见的是，理论上的创新，特别是利于企业服务的理论的创新不是一两次突击性的工作便可以完成的，它需要企业员工、特别是企业中相关科研人员的长期默默地工作。这种工作，可能成功，也可能是组织了众多的研究人员进行长期艰辛的工作后一无所获。基础研究的上述特点决定了选择此种战略不仅具有较大的风险，而且要求企业能够提供长期的、强有力的资金以及人力上的支持。
应用性研究只需企业利用现有的知识和技术去开发一种新产品或者探寻一种新工艺。与基础研究相比，所需时间相对较短、资金要求相对较少、创新的风险也相对较小，研究成果的运用对于企业生产设施调整、从而基础性投资的要求相对较低，当然，与之相应地对企业竞争优势的贡献程度也相对要小一些。
从某种意义上来说，现代企业从事的大多是应用性的研究工作以及与之相应的创新。日本学者森谷正规认为，“20世纪60年代以来，很难找到一种以完全新的原理为基础的技术。”以电子学为例，晶体管的生产是一种以全新理论为基础的创新。这种创新从根本上改变了以之为基本部件的产品的生产过程。但自此以后，“没有一个新的电子元件像晶体管一样被开发···微型计算机和超大规模集成电路只是在一个小硅片上集中了数量惊人的晶体管，却没有离开以前的技术原理。”但是，如果创新的过程始于基础研究，则无疑将给企业的应用
性开发提供异常广阔的空间。
